1x11 a 1x12 - Mezera, Rozdělení (Space, Divided)
Plukovník Yong má podat hlášení na Zemi a zastihne ho před tím Wrayová, která si myslí, že to s Rushem nebylo tak, jak plukovník tvrdil. Při pokusu o komunikaci se ale vědomí přenese do mimozemšťana a mimozemšťan v plukovníkovi napadne Scotta. Po návratu Young nařídí, že se komunikační zařízení nesmí používat, než se to prošetří. To se ale nelíbí Wrayové, která chce podat hlášení na Zemi. Vystupují z FTL a chtějí prozkoumat jednu planetu, když v tom se objeví cizí loď a požadují po nich kapitulaci. Zanedlouho dojde k bitvě, při které přistanou cizinci na Destiny, vyříznou do trupu otvor a unesou Chloe. Young pak použije znovu komunikační kameny, aby se dostal na jejich palubu. Je ale šokován, protože tam nalezne Dr. Rushe, kterého osvobodí. Dojde k přerušení spojení a strhne se další bitva. Při ní Rush najde Chloe a snaží se uniknout z lodi. Scott chce navzdory rozkazům zachránit Chloe, ale loď mimozemšťanů se dává na ústup a odletí...
Chloe se ocitá na lodi modrých mimozemšťanů, kde je vhozena do nádrže. Přichází k ní matka a hledí na sebe. Najednou se probudí a zjistí, že to byla zase další noční můra. Později se setká s Rushem v jídelně, který ji poví, že je na vnějším trupu Destiny sledovací zařízení. Eli ho jde s KINEM najít a když objeví stíhačku mimozemšťanů, vysílají raketoplán s plukovníkem Youngem a poručíkem Scottem, aby ji zničili. To se jim podaří, ale při návratu nejdou zapojit kotevní svorky a loď brzy skočí do FTL. Toho využil Dr. Rush, který převádí příkazy ovládání Destiny do konzole ve výzkumné laboratoři a s ostatními civilisty chtějí odříznout vojenský personál od zbytku lodi. Převod ovšem přeruší, aby zachránil Younga a Scotta. Pak uzavře s Wrayovou loď, oddělí většinu vojáků od civilistů a přebírají velení. Příkazy ovšem nebyly převedeny všechny a vojákům zbyl důležitý příkaz na podporu života. Proto po nich chtějí Eliho, který jediný by to uměl použít. Když ho vojáci vydají, Eli se dozvídá od Rushe, že je ještě jedno sledovací zařízení implantované v jeho hrudi a vojáci mají plán, jak proniknout do uzavřené části lodi civilistů. Když už tam skoro jsou, přilétají tři lodě mimozemšťanů a začínají palbu na Destiny. Vojáci opět přeberou kontrolu nad Destiny, a když zjistí, že Rush má v sobě sledovací zařízení, pošlou ho na operaci, aby to vyjmuli. Musí tedy zničit sledovací zařízení a přečkat nepřátelskou palbu, než skočí do FTL...